Правильно склонять (как в первом варианте). Подробнее см. в «Письмовнике».
Правильно без запятой.
Мужская фамилия Атанесян склоняется, женская – нет. Правильно: тетрадь Атанесяна Николая (но: тетрадь Атанесян Марии).
Верно: монастырь Святого Николая.
Корректно: музей Николая Островского, т. к. это не официальное название организации: слово музей не начинает здесь имя собственное, а обозначает тип учреждения.
В литературном русском языке такие фамилии не склоняются. В разговорной речи и в языке художественной литературы, отражающем устную речь, считается допустимым склонение фамилий украинского происхождения на -ко, -енко по склонению существительных женского рода на -а: пойти к Семашке, в гостях у Устименки.
Правильно: в школе № 1 г. Беслана, о награждении Груздя Николая. Подробнее см. в «Письмовнике» и http://spravka.gramota.ru/surnames.html [работу Н. А. Еськовой].
Запятую принято ставить.