Слово "город" требуется только в канцелярской речи (в город Анапу).
Верно: поеду в город Москву. Но лучше в этом предложении слово город не употреблять: Поеду в Москву.
В живой речи слово город здесь будет лишним. Сочетание город Санкт-Петербург характерно для канцелярского языка.
Правилен первый вариант. Название города Хива освоено и поэтому в сочетании со словом город склоняется. Ср.: Так наконец мы проникли настолько внутрь города Хивы, что оказались в самой Хиве, той, что является ее красой и славой, той, что является Хивой для всех нехивинцев… (А. Битов. Обоснованная ревность); Устроив Ханом в комнате, Чагатаев ушел наружу и до вечера ходил по городу Хиве... (А. Платонов. Джан).
Правильно: в городе Самаре, в город Самару. Подробнее см. в «Письмовнике».
