Существительные с суффиксом -ин-, имеющие значение количественного признака, который может проявляться в различной степени, образуются от непроизводных качественных прилагательных: глубок-ий →глуб-ин-а (с усечением производящей основы), широк-ий ― шир-ин-а (с усечением производящей основы), низк-ий → низина (с усечением производящей основы), толст-ый → толщ-ин-а (чередование ст // щ) и др.

Здесь это краткие прилагательные.

Очевидно, здесь прилагательное глубокий имеет значение 'затрагивающий сущность, существо чего-л.' (см. значение 5 в «Большом толковом словаре» на нашем портале), а системный — 'основанный на системе, опирающийся на систему' (см. значение 2 в том же словаре). Действительно, эти прилагательные могут быть контекстными синонимами (познание сущности, существа чего-либо может означать познание системы), а следовательно — отделяться друг от друга запятой. Окончательное решение о смысле своих слов принимает автор текста.

По основному правилу тире нужно, поскольку сказуемое выражено сочетанием существительного с числительным. Однако в специальной литературе в подобных случаях (при цифровом обозначении числительного) ставить тире не принято.

Да, это сложносочиненное предложение.

Возможны оба варианта. Слитно следует писать, если имеется в виду "здесь мелко", раздельно — если нужно подчеркнуть отрицание.

Согласование во мн. ч. возможно.

Можно говорить о том, что в словах глубокий, глубина, вглубь один и тот же корень, представленный вариантами глубок-, глуб-, -глубь. Дело в том, что при образовании от прилагательного глубокий существительных глубина и глубь отсекается финаль -ок- основы имени прилагательного.

В словах далекий, широкий, высокий «Морфемно-орфографический словарь» А. Н. Тихонова выделяет корни далек-, широк-, высок-.

У составных количественных числительных склоняется каждое входящее в них слово: достигает тысячи шестисот двадцати метров (см. в Письмовнике).