Судя по данным Национального корпуса русского языка, оба сочетания возможны, но сочетание глубина мыслей встречается гораздо реже, а в современных текстах примеры его употребления и вовсе единичны. Глубина мысли предпочтительней.

Очевидно, тире поставлено потому, что сказуемое выражено сочетанием с числительным (не более 3 м). При этом в справочниках имеется примечание, что «в специальной литературе при характеристике предмета тире в этом случае часто не ставится».

Другими — местоимение; местами, почти, везде — наречия; ровно, гладко, одинакова — прилагательные.

Существительные с суффиксом -ин-, имеющие значение количественного признака, который может проявляться в различной степени, образуются от непроизводных качественных прилагательных: глубок-ий →глуб-ин-а (с усечением производящей основы), широк-ий ― шир-ин-а (с усечением производящей основы), низк-ий → низина (с усечением производящей основы), толст-ый → толщ-ин-а (чередование ст // щ) и др.

Здесь это краткие прилагательные.

Очевидно, здесь прилагательное глубокий имеет значение 'затрагивающий сущность, существо чего-л.' (см. значение 5 в «Большом толковом словаре» на нашем портале), а системный — 'основанный на системе, опирающийся на систему' (см. значение 2 в том же словаре). Действительно, эти прилагательные могут быть контекстными синонимами (познание сущности, существа чего-либо может означать познание системы), а следовательно — отделяться друг от друга запятой. Окончательное решение о смысле своих слов принимает автор текста.

По основному правилу тире нужно, поскольку сказуемое выражено сочетанием существительного с числительным. Однако в специальной литературе в подобных случаях (при цифровом обозначении числительного) ставить тире не принято.

Существительное — это часть речи, при выделении которой на первый план выходят грамматические признаки слов. Что же касается значения существительных, то это часть речи, которая может обозначать все, что угодно: предмет (стол), лицо (мальчик), животное (корова), признак (глубина), отвлеченное понятие (совесть), действие (пение), отношение (равенство). Объединены с точки зрения значения эти слова тем, что к ним можно задать вопрос кто? или что?. Они обладают грамматическими признаками существительного, например склоняются как существительные, способны сочетаться с определением, которое будет согласовываться с ними в роде, числе и падеже. 

Да, это сложносочиненное предложение.

Возможны оба варианта. Слитно следует писать, если имеется в виду "здесь мелко", раздельно — если нужно подчеркнуть отрицание.