Первый вариант неправилен. Второй вариант возможен, также возможен и вариант написания без прописных букв. По отношению к ведомству Морского министерства Российской империи, полагаем, сейчас приемлемы оба написания. Какой была форма названия в официальных документах, нам установить не удалось, но в публикациях об истории российского флота встречаются и вариант со строчной, и вариант с прописной (неправильные написания тоже попадаются, но на них ориентироваться не стоит). Главное, чтобы в одном тексте использовался какой-то один вариант.
Словари фиксируют слово бариста как существительное мужского рода. Поэтому нейтрально: главный бариста (независимо от пола лица). Ср.: главный врач. Согласование по женскому роду возможно в разговорно-обиходной речи.
Это название не склоняется.
Следует писать строчными (маленькими) буквами.
Постановка тире или дефиса зависит от смысла сочетания. Если в числе инженеров-программистов есть главный, то пишем главный инженер-программист. Если же главный инженер одновременно является программистом, то пишем главный инженер — программист.
Названия высших государственных должностей и титулов пишутся с прописной буквы только в официальных текстах.
Корректно со строчной: московский губернатор, тюменский главный врач.
Мужской род опорного слова штат предопределяет родовую квалификацию топонима.
