В официальных документах правильно: Генеральный прокурор Российской Федерации.
Первый вариант неправилен. Второй вариант возможен, также возможен и вариант написания без прописных букв. По отношению к ведомству Морского министерства Российской империи, полагаем, сейчас приемлемы оба написания. Какой была форма названия в официальных документах, нам установить не удалось, но в публикациях об истории российского флота встречаются и вариант со строчной, и вариант с прописной (неправильные написания тоже попадаются, но на них ориентироваться не стоит). Главное, чтобы в одном тексте использовался какой-то один вариант.
Название должности генеральный директор пишется со строчной. С прописной буквы пишутся названия высших государственных должностей (и то не во всех текстах).
Наименование должности генеральный директор пишется строчными буквами.
Верно со строчной буквы: генеральный директор.
