Оба варианта правильны.
Оба слова существуют, но вариант калоши устаревший.
Рекомендуем проверять слова в окне «Искать на Грамоте» (набрать смо* и галоши).
Предпочтительно: ракУшки.
Допустимы варианты с предлогом и без предлога, буквенное наращение после цифр не требуется.
Ваше замечание справедливо. Грамматически верно: поймал ежей, увидел галок. Это одушевленные существительные, винительный падеж у них в форме мн. числа совпадает с родительным.
Конечно, в поэтической речи возможны разного рода «неправильности», отступления от литературной нормы. Но здесь это отступление вряд ли оправданно. Лучше немного изменить стихотворение, и всё будет в порядке и с рифмой, и с грамматикой: Ходил он на охоту, поймал он двух ежей, Увидел он двух галок и маленьких чижей.