Если имеется в виду разное образование (а не разные этапы обучения), то верно: В этих вузах разный уровень обучения.
Лучше: содержание питательных веществ, белка в чем-либо.
Формулировка неудачна. Корректно: Кондиционер настроен на уровень охлаждения два (второй уровень охлаждения).
Пишется слитно. Корректнее говорить об уровне преступности, если речь идет о количестве преступлений (или имеетеся в виду технический уровень совершения преступлений?).
Слово уровень не нужно. Достаточно: образование.
Верно: во фруктах.
Если имеется в виду общий показатель, то корректно: высокий уровень микроэлемента.