Корректно: файлы сохраняются (где?) в папке.
Фразеологизм: нашего полку прибыло.
Возможны оба варианта, вариант без предлога употребляется чаще.
Запятая нужна (обособляется определительный оборот, стоящий после определяемого слова).
Правильно: положить в папку. Слова покласть нет в русском литературном языке.
Возможно склонение мужской фамилии Попок с выпадением гласного (Попка, Попку) и без выпадения гласного (Попока, Попоку). Второй вариант предпочтителен, но окончательное решение, какой тип склонения избрать, остается за носителем фамилии.
Правильно: подписать (несколько, ряд, папку) счетов-фактур.