Если говорить об орфографически правильном написании, оно было бы таким: ГУ «ВШЭ», Государственный университет «Высшая школа экономики».
Знак дефиса (орфографический) в официальном полном наименовании, конечно же, следовало бы заменить на пунктуационный знак тире. Дефис в аббревиатуре обосновать можно: аббревиатура – это единое слово.