Лучше: вырубка деревьев, угрожающих... или вырубка деревьев, представляющих угрозу...
Возможны второй и третий варианты.
См. о склонении существительных и прилагательных в учебнике Е. И. Литневской.
Запятые поставлены правильно.
На наш взгляд, верен второй вариант.
Правильно: инфекциями, передаваемыми половым путем.