Запятая между однородными дополнениями, зависимыми от глагола добывают, не нужна: Приморские компании ежегодно добывают шестую часть всего вылова страны и четверть – Дальневосточного бассейна.
Оборот с союзом "как" в данном случае не является сравнительным и не обособляется.