Корректно: из озера Байкал.
Вытащить - разговорный вариант, вынуть - общеупотребительный.
Запятая перед забыли не нужна.
В первом случае все равно что - сравнительный подчинительный союз, между его частями не ставится запятая; сравнение является частью грамматической основы простого предложения (сказуемым).
Во втором случае есть союз что, который соединяет части сложноподчиненного предложения, поэтому ставится запятая.
Правильно: двух черепах-подружек.