В русских словах может произноситься и больше трех согласных подряд (напр., встрепенуться), но стечение согласных все же достаточно редкое явление. Группы согласных часто упрощаются. Это происходит и в слове отсутствие. Согласные [т] и [с] сливаются в один звук [ц].
Дело в том, что грамматический род не равен буквально биологическому полу. Чудо-юдо, оставаясь существительным среднего рода, отождествляется с существом мужского пола. В этом нет ничего странного.
Форма мн. ч. (чуды-юды) неупотребительна.