Лучше: вырубка деревьев, угрожающих... или вырубка деревьев, представляющих угрозу...
Рекомендация не вполне понятна, предложение следует перестроить.
Первый сравнительный оборот требуется тоже обособить: Как гора, большой и сильный. Нос, как трубка, очень длинный.
Может означать и то, и другое. Из приведенного примера можно сделать вывод, что случаи заготовки древесины на основании договора бывают обычные и исключительные, а в этой статье рассматриваются исключительные.
Оба сочетания правильны.
Относительное местоимение кой (который) является книжным. Словарями фиксируются формы женского рода коя и устаревшая кая.
Правильно: кладу трубку.