Существительное вонь в значении 'дурной запах' является разговорным. Стилистическая окраска глагола вонять зависит от значения, см. «Большой толковый словарь русского языка» под. ред. С. А. Кузнецова.
Запятая ставится.
Корректно написание со строчной буквы: троянский конь. Это устойчивое выражение, давно закрепившееся в языке. См. словарную фиксацию.