В принципе может быть вводным словом (и выделяться запятыми) и выступать в роли обстоятельства (и не выделяться запятыми). Постановка знаков препинания зависит от интонации и смысла.
После поэтому запятая нужна. Если слова как только возникла проблема относится к обеим следующим частям предложения, вторая указанная запятая не ставится. Если только к части церковь стала на него реагировать -- ставится.