Верно: со штаммами возбудителя.
Завести дело корректно, если дело употребляется в значении 'собрание документов, относящихся к какому-либо факту или лицу'. А вот в значении 'что-либо подлежащее судебному разбирательству, само судебное разбирательство, процесс' корректно: возбудить дело; глагол завести в таких случаях обычно не употребляется.
Нет, слова вместе с тем вводными не являются и запятыми не выделяются.
Для обиходной речи это не ошибка. Но в юридическом языке используется именно второй названный Вами оборот речи.