Знаком тире отделяется приложение. Тире ставится вместо запятой в том случае, если приложение находится в конце предложения и подчеркивается его самостоятельность или перед приложением можно вставить а именно.
Слово озера – обобщающее для ряда Верхит, Стерж, Вселуг, Пено и Волго.
В Москве - Икшинская ул.
Верно написание с большой буквы.
Верно: Московское море.
Предпочтительно: в глубь водохранилища (в значении "в глубину"). Используется существительное глубь, поскольку водохранилище действительно имеет глубину (ср.: распространиться вглубь и вширь).