Запятыми правильно выделен пояснительный оборот ("а именно").
Запятая перед союзом как, присоединяющим придаточное предложение как старшеклассник [нависает] над детсадовцем, нужна.
Витя может использоваться как уменьшительное к Виталий (хотя гораздо чаще используется как уменьшительное к Виктор). «Словарь русских личных имен» Н. А. Петровского указывает:
ВИТАЛИЙ, -я, м.
Отч.: Виталиевич, Виталиевна и Витальевич, Витальевна.
Производные: Виталя; Таля; Вита (Витя); Витася; Витаха; Виташа; Витуля (Витюля); Витюня; Витюха; Витюша; Витяна.
[Лат. vitalis — жизненный.]
Так можно сказать.
Бабушка права лишь отчасти. Она права в том, что уменьшительное Вика от Виктор действительно существовало, оно до сих пор зафиксировано в словарях русских личных имен (см., например, «Словарь русских личных имен» Н. А. Петровского) – так же как и Витя от Виталий (см. фиксацию в том же словаре). Однако в современном русском языке Витя – основная уменьшительно-ласкательная форма от Виктор. Это норма, зафиксированная словарями.