Обособление нужно. В этих случаях приложение с союзом как осложнено причинным значением. См. об этом параграф 64 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.).
Запятая после ну не нужна.
Правильно: ООО «ВРЕМЯ» в лице директора Иванова И. И., именуемое в дальнейшем «Исполнитель»...