В письменной речи такие предложения нежелательны. Нужно не расставлять в них знаки, а перестроить их. Возможны разные варианты, например:

Существует вещество, которое очищает воздух. 

Существует вещество, которое добавляют в воздух, в результате чего он очищается.

Если непременно нужно записать приведенные Вами разговорные фразы без изменений, то лучше перед союзами и поставить вместо запятых тире.

1. Моменты молекул H2O и H2S составляют 1,84 и 0,94 D  соответственно.

2. Характеризуются более высокими температурами плавления, чем вещества, молекулы которых не полярны  (неполярны). 

3. Когда электрон попадает в сферу действия другого атома, характер движения, а следовательно, и волновая функция...

4. Контекст недостаточен.

5. Для того чтобы рассчитать степень...

6. Элемент или вещество, отдающие электроны, называют восстановителями.

7. Оксиды металлов не способны изолировать поверхность.

8. Среди них из-за очень высокой экзотермичности прежде всего следует назвать...

9.  Возможны оба варианта. 

Оба сочетания – печь блины и жарить блины – корректны, зафиксированы словарями русского языка. Впрочем, вариант печь блины более употребителен  и, если можно так выразиться, традиционен (поскольку раньше блины именно пекли в печи). Он закреплен и в устойчивом выражении как блины печет (о том, кто делает что-то очень быстро и в большом количестве, часто небрежно).

Абсорбент – поглощающее вещество; вещество, обладающее способностью абсорбции (поглощения вещества или энергии всем объемом поглотителя). Адсорбент – тело, на поверхности которого происходит адсорбция – поглощение вещества из раствора или газа поверхностным слоем жидкости или твердого тела.

Словосочетание продукты питания  корректно и зафиксировано в нормативных словарях русского языка в значении 'продукты, предназначенные для питания людей'. Дело в том, что существительное продукт имеет несколько значений, среди них, действительно, есть значения 'предмет как результат человеческого труда || предмет, вещество и т. п. как результат труда в какой-либо отрасли производства' (продукты сельского хозяйства) и 'вещество, образующееся химическим или иным путем из другого вещества' (продукты сгорания). Но есть у слова продукты и значение 'предметы питания, съестные припасы', и именно в этом значении оно употребляется в словосочетании продукты питания.

Да, с лингвистической точки зрения вода - это вещество. А слово вода - вещественное существительное.

Является ли название вещества поясняющим приложением, зависит от контекста. Если речь идет о том, что на заводе предусмотрен синтез вспомогательных веществ, входящих в препарат, то есть противопоставлены вспомогательные вещества и активное вещество, то название активного вещества нужно каким-то образом выделить, например: На заводе не предусмотрен синтез активного вещества — ибупрофена; На заводе не предусмотрен синтез активного вещества (ибупрофена). Если в контексте сопоставляются разные активные вещества, название одного из них не будет поясняющим, например: На заводе не предусмотрен синтез активного вещества ибупрофена, а синтез других активных веществ — предусмотрен.