В «Словаре географических названий» А. В. Суперанской (М., 2013) указано, что топонимы в сочетании с географическим термином бухта обычно не склоняются. Исключение составляют случаи, когда топонимы выражены именами прилагательными: в бухте Котор, но в Сиднейской бухте.
Верно: в бухте Средней. Подробнее см. в "Письмовнике".
Лучше всего посмотреть на карте.
Возможно: Было примерно около двух часов; тьма стала как будто еще плотнее.
Во мне, как и в ней, умерла человечность, будто ее никогда и не было.
Верно: дупло в дубе.
Запятые не ставятся.
Правильно: От него пахло свежестью, и было ощущение, что его недавно вымыли специальной жидкостью.
Мы не видим тут ошибки.
Верно написание без тире.