Верно: три бутЫли, пять бутЫлей. Это слово женского рода, ударение во всех формах падает на Ы.
Ударение остается на корне: бутыли.
Оба варианта верны, хотя несколько различаются по смыслу.
Лучше спросить: Нужна бутылка?
Возможны варианты: бутылка коньяка - общеупотребительный; бутылка коньяку - разговорный.
Корректно: наполовину пустая, наполненная до половины.