Правильно: вилла барона Эмпана.
"На Грамоте ответа нет" именно потому, что это слово пока что не зафиксировано нормативными словарями современного русского языка. А это означает, что ныне возможны оба варианта его написания.
Правильно: на вилле; побывать на всех доступных виллах.
Слова на вилле во Флоренции выступают как уточняющий член предложения, поэтому выделяются запятыми.
Запятая перед тире не требуется.