«Словарь географических названий» А. В. Суперанской (М., 2013) указывает на возможность постановки ударения на корне и на окончании: в БикИне и в БикинЕ. Выбор за носителями языка.
Именительный падеж предпочтителен, он удобнее для читателя. Можно поправить: ...в ней различаются пять стадий...