Корректно: особый отдел краснознаменного Балтийского флота.
Множественное число существительного выбирается при намерении или необходимости подчеркнуть, что речь идет о разных понятиях. Но возможно и единственное число существительного, т. к. эти понятия внутренне связаны между собой (оба флота входят в состав ВМФ России).
Тихоокеанский флот - Владивосток;
Черноморский флот - Севастополь;
Балтийский флот - Балтийск (Калининградская область) и Кронштадт (Ленинградская область).
Кроме того, в состав ВМФ России входит Каспийская флотилия, главная база - г. Астрахань.