Множественное число существительного выбирается при намерении или необходимости подчеркнуть, что речь идет о разных понятиях. Но возможно и единственное число существительного, т. к. эти понятия внутренне связаны между собой (оба флота входят в состав ВМФ России).
Тихоокеанский флот - Владивосток;
Черноморский флот - Севастополь;
Балтийский флот - Балтийск (Калининградская область) и Кронштадт (Ленинградская область).
Кроме того, в состав ВМФ России входит Каспийская флотилия, главная база - г. Астрахань.
Названия регионов пишутся с прописной (например: Азиатско-Тихоокеанский регион, Балтийский регион, Ближневосточный регион, Волго-Вятский регион и др., см. фиксацию в академическом орфографическом словаре на ресурсе «Академос» Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН). Но в данном случае под регионом понимается обширный район, группа соседствующих стран или территорий, объединённых по нескольким общим признакам (географическим, экономическим, политическим). Например, Азиатско-Тихоокеанский регион — это совокупность стран, расположенных по периметру Тихого океана, включая многочисленные островные государства в самом океане. Арктическим (с прописной) регионом можно было бы назвать обширные заполярные территории, включающие несколько субъектов РФ, территории других стран и др. Если называть Ямал арктическим регионом, корректно писать это сочетание строчными, в данном случае оно не является именем собственным.
Корректно: особый отдел краснознаменного Балтийского флота.
Да, в официально-деловых документах допускается сокращение слова «имени» до «им.».
