Фонема – это кратчайшая звуковая единица. Аллофон – конкретная реализация фонемы в том или ином слове. Например, в словах пат и патриот одна и та же фонема <а> представлена аллофонами [а] и [ъ].
Нужно использовать кавычки.
Воспользуйтесь, пожалуйста, ресурсом «Проверка слова».