Непростой вопрос. Фамилию Козино склонять не следует: не склоняются фамилии, оканчивающиеся на о (ни мужские, ни женские). Имена Полла и Илария по отдельности склоняются: Полла – Полле, Илария – Иларии (если ударение не падает на я; если же ударение падает на я, правильно: Иларие, как Зульфия – Зульфие). Так же они должны склоняться и в составе двойного имени (ср.: Анне-Марии, Анне-Виктории). Таким образом, правильно: аттестат выдан Козино Полле-Иларии (или, если ударение падает на я, Полле-Иларие).
Правильно: аттестат о среднем образовании, аттестат зрелости (устар.).
Фамилия Бакерия склоняется. Правильно: аттестат выдан Бакерии.
Судя по всему (хотя предложение не приведено полностью), в данном случае есть три однородных члена предложения, перед каждым из которых, кроме первого, повторяется союз или. Если это так, то корректно следующее пунктуационное оформление: ...аттестат об основном общем образовании, или аттестат о среднем общем образовании и приложение к нему, или справку об обучении из организации. Сравним пример из параграфа 13.6 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя: Иные хозяева вырастили уже вишни, или сирень, или жасмин (Ф.).
Правильно: Данный аттестат свидетельствует о том, что (ФИО ребёнка) окончил государственное общеобразовательное учреждение «Гимназия № 343».
Имена и фамилии, оканчивающиеся на -е, -о, не склоняются. Правильно: аттестат выдан Муйибулло Рахматиллозоде.