Имя Арсений – из греческого Арсениос, от arsēn 'мужественный'. Производные формы: Арсеньюшка; Арсеня; Сеня; Арся (Арса); Арсюта; Арсюша; Сюша; Ася.
Мужская фамилия Ананий склоняется так же, как, например, имя Арсений: Анания, Ананию, Анания, Ананием, об Анании. Женская фамилия Ананий (если форма именительного падежа именно такова) не склоняется.
Здесь речь идет об авторской пунктуации, которая должна создать или усилить определенное художественное впечатление от текста. Менять ее можно только по согласованию с автором.
Слово написано верно, с твердым знаком после приставки: межъепархиальный.