Да, логика верная: в названиях, состоящих из родового наименования и наименования, не сочетающегося с ним синтаксически, последнее заключается в кавычки и в нем пишутся с прописной буквы первое (или единственное) слово и собственные имена: арка «Темное королевство», арка «Черная Луна». Если переводить так, что синтаксическая несочетаемость уходит, то уходят и кавычки, сигнализирующие о такой несочетаемости: арка Черной Луны.
Предложение построено некорректно: присоединительный союз в том числе употребляется для присоединения слов, использующихся для обозначения чего-либо, на что распространяется сказанное в предыдущей части. Он синонимичен слову включая, и замена на синоним проявляет некорректность фразы: *Для меня арка, включая, — символ архитектуры вообще. Лучше использовать те выражения, которыми Вы объясняли задуманный смысл: Для меня арка, кроме прочего, — символ архитектуры вообще.
