См. в толково-словообразовательном словаре (окно «Искать на Грамоте»).

Запрета на такое употребление нет. 

Существительное ара 'попугай' несклоняемое. Правильно: мы повстречали голубого ара.

Р. п. - Варги, т. п. - Варгой.

Да, логика верная: в названиях, состоящих из родового наименования и наименования, не сочетающегося с ним синтаксически, последнее заключается в кавычки и в нем пишутся с прописной буквы первое (или единственное) слово и собственные имена: арка «Темное королевство», арка «Черная Луна». Если переводить так, что синтаксическая несочетаемость уходит, то уходят и кавычки, сигнализирующие о такой несочетаемости: арка Черной Луны.

Имя Ара склоняется по модели папа: папы Ары, папе Аре, папу Ару и т. д.

В слове ага на месте буквы Г произносится звук [г] длительный, образующийся так же, как [х], но с голосом (этот звук также называют фрикативный [г]).

Состав словника - это авторский материал, автор словаря В. С. Елистратов посчитал нужным включить в состав словаря данное выражение в соответствии с авторской концепцией (в словарь попали многие идиомы "городского просторечия", к числу которых можно отнести и указанное Вами выражение).