В сочетании кофе арабика не нужны кавычки и прописные буквы.
Названия сортов напитков (вин, кофе, чая и др.) принято писать с маленькой буквы, без кавычек: кофе арабика, чай каркаде, вино рислинг.
Следует писать с маленькой буквы.
1. Возможны оба варианта. 2. Правильно: арабика.