В каких словах?
Правильно: указывает на то, что...
О склонении аббревиатур читайте в "Письмовнике".
Предпочтительно использовать кавычки разного рисунка: АО «МТЗ “Трансмаш”». Вариант АО «МТЗ «Трансмаш» допустим, если нет технической возможности использовать кавычки разного рисунка. Написание МТЗ «Трансмаш» верно.
Дефис нужен: Тебе что именно-то надо?
Слова в том числе не являются вводными. Подробнее см. в "Справочнике по пунктуации".
Полагаем, что лучше выбирать из двух последних вариантов. Написания с черточкой могут восприниматься в значении 'первая группа' (ср. Новый сайт обошел сильных конкурентов и попал в топ-1 за два месяца). Два последних варианта однозначны.
Постановка знака препинания зависит от контекста, однако в большинстве случаев соответствующие обстоятельства (времени и места) не будут однородными и не будут обособляться.