Возможная логика написания с прописной – как название исторического события. Отметим также, что это слово в современной публицистической речи может употребляться как синоним слова геноцид, т. е. по отношению к разным этническим, религиозным или социальным группам. Возможно, словарь, о котором Вы говорите, разводит по значениям: Холокост – как обозначение массового уничтожения евреев в годы Второй мировой войны (историческое событие) и холокост как синоним слова геноцид. Такая логика имеет право на существование. Но при этом в большинстве словарей зафиксировано написание слова холокост строчными.

В каких-то контекстах можно.

Такое оформление правильно, если слова жены декабристов вникли в причины ссылки мужей представляют собой точную цитату. Но и оформить косвенной речью (т. е. написать без кавычек) тоже можно.

Ректор и академик – неоднородные приложения, запятой они не разделяются.

Директор – должность, академик – звание, доктор наук – ученая степень. Наименования ученых степеней и ученых званий и почетные звания выступают в общем ряду как однородные приложения. А должность и звание – неоднородные приложения. Поэтому первая запятая не нужна, вторая нужна: директор Института Европы РАН академик РАН, д. э. н. Николай Шмелев.

Нет, в современном русском языке правильно только эфиоп.

Знаки расставлены верно. Приложения (должность, ученая степень, звание и др.), стоящие после определяемого слова, независимо от передаваемого ими значения, разделяются запятыми и обязательно выделяются.

Рекомендуем писать слитно, как указано в "Русском орфографическом словаре" РАН.

В том же параграфе «Однородные и неоднородные приложения» в справочнике Д. Э. Розенталя «Пунктуация» есть небольшое примечание: «Неоднородные приложения, стоящие перед определяемым существительным, становятся однородными в положении после определяемого слова». Таким образом, запятая не ставилась бы, если бы фамилия стояла в конце, после указания должности и званий. А в рассматриваемом контексте запятая нужна.

Да, запятая нужна.