Это правильно, если такой способ написания принят в официальных (уставных) документах компании. Но при этом противоречие нормам русского письма налицо.
Фонема – это кратчайшая звуковая единица. Аллофон – конкретная реализация фонемы в том или ином слове. Например, в словах пат и патриот одна и та же фонема <а> представлена аллофонами [а] и [ъ].
Корректны с кавычками.