«Русский орфографический словарь» РАН фиксирует раздельное написание: условно патогенный. Пожалуйста, укажите номер вопроса, где дан другой ответ.
Такие термины следует писать через дефис: вероятно-патогенный вариант, вероятно-доброкачественный вариант.