К сожалению, нормативных рекомендаций на этот счет нет.
Запятая нужна. Это сложносочиненное предложение.
Р произносится мягко.
С помощью нее - корректный вариант. О других сочетаниях предлогов и местоимений см. в "Письмовнике".
См. ответ на вопрос № 280487.
Официальное название органа власти – Федеральная таможенная служба, сокращенное официальное название – ФТС России. Если, например, в тексте сначала употребляется полное название Федеральная таможенная служба, а далее просто таможенная служба, то слова таможенная служба пишутся строчными.
Правильно: в соответствии с третьей частью Гражданского кодекса...
Корректно: в связи с вступлением в силу изменений в постановлении Правительства РФ.
Да, подчиняются. В словарях можно найти подтверждающие это примеры.