На современном этапе развития русского языка основа слова актер не членится на морфемы, т. е. состоит только из корня актер-. При образовании от него с помощью суффикса -ис- слова актриса гласная перед р выпадает.
Исторически существительное актер связано со словом акт (фр. acte, нем. Akt, польск. akt от лат. ācta, actōrum «поступки, постановление») и восходит к лат. глаголу ago, ēgī, āctum «ходить», как и слова актив, актуальный, акция, реакция, реактив, реактор, агент, агитировать, реагент, реагировать. Но по смыслу в русском языке эти слова не связаны со словом актер, поэтому однокоренными их считать не следует.
Слово дирижер образовано суффиксальным способом от глагола дирижировать при помощи суффикса -ёр. Так же образованы слова гравёр, гипнотизер и др. При словопроизводстве часть -ирова- инфинитивной основы отсекается. Усечение производящей основы не составляет какого-либо особого способа словообразования.
Вопрос о морфемном членении слова всегда непрост, поскольку разные лингвисты по-разному подходят к его разрешению. С одной стороны, в современном русском языке нет однокоренных к слову шофёр лексем, в которых отсутствовал бы элемент -ёр-/-ер- (шофёрить (сниж.); шофёришка, шоферня́ (сниж.), шофёрский, шофёрство, шофёрша, шоферю́га (сниж.), поэтому и можно считать, что в этом существительном нет суффикса. С другой же стороны, в русском языке имеются десятки (если не сотни) существительных с финалью -ёр-/-ер-/-ор- (миллиардер, спринтер, актёр, дирижёр, монтёр, командор, цензор и т. п.), и все они обозначают лиц, которые связаны с указанной в основе деятельностью, профессией, орудием труда и т. п. На этом основании и у слова шофёр можно выделить суффикс.
Дело в том, что обучение чтению и изучение алфавита - это несколько разные задачи. Для раннего обучения чтению дошкольников целесообразно произносить названия букв как звуки (произносить так, как буквы звучат в слове). В начальной школе можно уже выучить и "нормальные" названия букв.
Удвоение "р." не требуется.
Общепринятого графического сокращения этих слов нет. В текстах, адресованных специалистам (педагогам), сокращать эти слова можно разными способами, главное – чтобы сокращение было понятно подготовленному читателю.