Интересующая Вас проблема решаема. В научном учреждении, которое обладает правом на экспертную деятельность, можно получить официальную справку о том, что отчество Никитович является вариантом (пусть и ошибочным с точки зрения грамматической нормы) отчества Никитич. О возможности изменения документов мы, увы, не знаем.
Противоречия нет, просто в «Учебник Грамоты», как и другие учебники, включены не все правила. Вот, что сообщает нам Полный академический справочник под ред. В. В. Лопатина: «Рядом стоящие имена собственные и нарицательные могут выполнять разные функции в зависимости от выражаемого значения. Например, в предложении Вошла его сестра Маша приложением является сестра; будучи логически выделенным, слово сестра может стать определяемым, и тогда собственное имя Маша приобретает функцию уточняющего приложения и обособляется: Вошла его сестра, Маша».
Во втором предложении из правила приложением оказывается собственное имя, как и в предложении из вопроса № 309745. Приложение обособляется.
Ваш вариант пунктуации возможен.
От имени Никита образуется отчество Никитич.
Никитич, Никитична.
Никитич, Никитична.
Отчества от имени Никита - Никитич, Никитична.
Морф -ич используется в образованиях, мотивированных собственными личными русскими именами на -а II скл.: Лука - Лукич, Илья - Ильич, Фома - Фомич, Кузьма - Кузьмич, Никита - Никитич, Фока - Фокич, Савва - Саввич, Сила - Силыч и Силич, Иона - Ионыч и Ионич, в отчестве Прович, мотивированном личным именем I скл. Пров, а также в барич, княжич, паныч. Кроме того, морф -ич выступает в вариантных образованиях от имен на -слав, от которых возможны также образования с морфом -ович: Вячеслав - Вячеславич и Вячеславович.
Примечание. Встречающиеся в современной речи отчества от русских имен на -а с морфом -овыч (Никитович, Саввович) противоречат литературной норме.
Морф -ович используется в образованиях, мотивированных собственными личными именами I скл.: Иван - Иванович, Николай - Николаевич, Петрович, Герасимович, Олегович, а также в слове попович. Кроме того, этот морф используется в отчествах от нерусских личных имен II скл. (Шалва - Шалвович).
(Русская грамматика, 1980)
Отчество от имени Никита - Никитич (и Никитична).
Жители Рыбинска – рыбинцы, ед. ч. – рыбинец, для названия жительницы следует использовать описательную конструкцию: жительница Рыбинска.
Регулярное отчество от имени Никита - Никитич.
