Вторая из отмеченных запятых необходима, она отделяет придаточную часть от главной. Что касается первой запятой, то ее постановка факультативна: она может быть поставлена, чтобы придать обстоятельству вне зависимости от того значение попутного замечания.

Запятая ставится по правилу о сложноподчиненных предложениях; рядом мы или нет — придаточная часть.

Верно: Назир М.-М.-Н. Инициалы двойных, тройных нерусских имен пишутся через дефис вне зависимости от того, как пишется полный вариант имени.

См. также ответ на вопрос № 321597.

«Поверил Я алгеброй гармонию»... Именно эти строки напомнил Ваш вопрос. Как известно, пьеса «Моцарт и Сальери» была опубликована в альманахе «Северные цветы на 1832 год». В первом издании фрагмент был представлен в такой графической версии:

              Намедни ночью 

   Безсонница моя меня томила

   И въ голову пришли мнѣ двѣ, три мысли.

В 1838 году вышел в свет первый том полного (посмертного) собрания сочинений А. С. Пушкина, и в нем фрагмент сцены был представлен в измененном виде:

              Намедни ночью 

   Безсонница моя меня томила,

   И въ голову пришли мнѣ двѣ - три мысли. 

Без сомнения, вопрос о причинах пунктуационных изменений — это прежде всего вопрос к издателям. Как можно полагать, пушкинисты-текстологи знают ответ на этот вопрос. Нам же очевидно, что, вне зависимости от того, как был представлен фрагмент в последующих изданиях, пунктуационные нормы, зафиксированные в справочной литературе ХХ века, не могли быть учтены в веке девятнадцатом. 

Можем предположить, что запрещается буксировка механических транспортных средств любыми транспортными средствами (легковой автомобиль, мотоцикл, грузовой автомобиль, трактор и т. д.), — исходя из того, что это расшифровка знака "Движение с прицепом запрещено", а в данном случае буксируемое транспортное средство можно рассматривать как прицеп вне зависимости от того, какое транспортное средство является буксирующим. 

Да, прямую речь необходимо заключать в кавычки, вне зависимости от того, написана она кириллическими или латинскими буквами. 

Если имеется в виду вопрос «Кто пришел?», то глагол ставится в мужском роде вне зависимости от того, кто пришел — мужчина или женщина.

В краткой форме от нахмуренный вне зависимости от того, к какой части речи она относится, пишется одно н. См. академический орфографический словарь.

Торговые центры — это организации. Условные названия различных организаций, предприятий, фирм, банков и т. п. заключаются в кавычки.

Правилами русской орфографии написание латиницей, как и средствами других графических систем, не предусмотрено. Обычно названия, набранные латиницей, пишут без кавычек. Однако справочники для издателей рекомендуют такие названия передавать средствами русской графики — транскрибировать или транслитерировать. Данные рекомендации отвечают интересам всех носителей русского языка: название, написанное русским алфавитом, доступно для чтения и произнесения любому человеку, знающему русскую грамоту, вне зависимости от того, каким иностранным языком и в какой мере он владеет. См., например: Розенталь Д. Э. Джанджакова Е. В., Кабанова Н. П. «Справочник по русскому языку: правописание, произношение, литературное редактирование» (М., 1999, § 74); Мильчин А. Э., Чельцова Л. К. «Справочник издателя и автора» (М., 2014, § 3.25.6–3.25.7).

Фамилия Искра склоняется вне зависимости от того, кому она принадлежит и куда падает в ней ударение.