Если сотрудница стала начальником отдела и главным бухгалтером, то верно: принята на должность начальника отдела — главного бухгалтера.
Запятая поставлена верно.
Обособление приложения главного бухгалтера А.А. Петрова придаст ему характер попутного замечания: важно, что это был ключ работника компании, а что это за работник — информация второстепенная. Если важно именование конкретного работника, приложение выделять не нужно. Правда, в этом случае возникнет двусмысленность: фрагмент можно прочитать и как работника компании (чьей?) главного бухгалтера А.А. Петрова; возможно, потребуется перестроить предложение.
Строгих правил нет. Инициалы после фамилии обычно ставят в алфавитных списках, перечнях, библиографиях и т. п.; при адресовании должностному или физическому лицу инициалы чаще указывают перед фамилией. В Вашем случае (если на этот счет нет каких-то строгих внутрикоропративных правил) место расположения инициалов не приниципиально.
См. в Проверке слова.
Форма им. падежа - бухгАлтеры.
Правильно: Бухгалтеры заполняют приходные ордера.
Мн. ч. бухгалтеры и допустимо (в устной речи) бухгалтера.
Правильно: В связи с переводом бухгалтера Виноградовой...
Следует склонять.
