В какой момент сотрудник задает себе вопрос? После того как он понял, что ему нужно сделать, но перед тем как ответить на вопрос «Зачем это нужно?».

Такое ударение словарями не фиксируется. Но существует произношения слова между вообще без ударения (т. е. ударение с предлога перемещается на последующее слово), и в этом случае второй гласный в слове между, действительно, произносится более отчетливо, чем первый.

В этом случае пишется одна Л, а ударение на первом слоге. «Русский орфографический словарь» РАН под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой (М., 2012) фиксирует сложные слова хеви-метал, хеви-метал-рок, метал-группа.

Слово уик-энд есть в электронной версии «Русского орфографического словаря» (равно как и в печатном издании). Исправить написание в «Большом толковом словаре» мы можем только с согласия главного редактора словаря С. А. Кузнецова. Мы передадим ему Ваше замечание.

Формально пергамент здесь подлежащее, выстилается – сказуемое. Не всегда в предложении подлежащим является агенс (т. е. производитель действия); слово, обозначающее пассивный объект, на который направлено действие, тоже может стоять в позиции подлежащего, как в данном примере.

Ср. два предложения: Мальчик съел мороженое и Мороженое съедено мальчиком. В обоих примерах агенс один и тот же – мальчик. Но в первом примере это подлежащее, а во втором примере – дополнение; подлежащее во втором примере – мороженое.

Фраза корректна.

"Скорей всего" носит разговорный характер, лучше избегать употребления этого сочетания в деловой речи. Обособлять запятыми как вводное это сочетание нужно.

Правильно написание без кавычек.  

Поставить запятую перед словом сердце будет ошибкой.

Действительно, предложение построено так, что возникает двусмысленность. Поэтому следует перестроить предложение.

Организовать при директоре может означать "организовать в присутствии директора".