Форма устройства употребляется в случае, если она зависит от слова схема (схема (чего?) устройства), но тогда заголовок не делится на части: Исполнительная схема №1 устройства основания из песка.

Если заголовок схемы состоит из двух самостоятельных частей, то употребляется форма устройство. При этом для разделения заголовка недостаточно одной только прописной буквы — нужно или поставить между ними точку (Исполнительная схема №1. Устройство основания из песка), или расположить части на разных строках:
Исполнительная схема №1
Устройство основания из песка

Запятые перед как действительно нужны в каждом из этих предложений. В первом из них как — союзное слово, присоединяющее придаточную часть сложноподчиненного предложения: ...чтобы спросить, как дела. Во втором предложении как — союз, присоединяющий сравнительный оборот: ...вращал ее вокруг своей оси, как балерину.

Правильно: согласно п. 4.1 договора, заключенного... (договора какого?).

В справочниках нет правил постановки двоеточия перед ссылкой. Строго говоря, структура предложения не требует постановки каких-либо знаков препинания после слов ссылка, адрес, телефон, однако на практике здесь часто ставится двоеточие как предупреждающий знак, сравним: ...по вопросу проведения капитального ремонта общего имущества многоквартирного дома, расположенного по адресу: г. Москва, Фурманный пер., д. 7; Звоните нам по телефону: 8-800...

По правилам координации здесь действительно нужно тире вместо дефиса: клеточные линии — продуценты рекомбинантных белков. См. пункт 1 параграфа 154 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

Оба варианта пунктуационного оформления предложения корректны.

Приложение капитан 1 ранга, обозначающее воинское звание, не однородно приложению, обозначающему должность (см. параграф 42 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина), поэтому в предложении не требуются знаки препинания: Начальник АХТО Аркадий Тимофеевич Иванов и начальник отдела военно-политического управления Балтийского флота капитан 1 ранга Артём Валерьевич Петров высказались о важности проводимого мероприятия.

Запятая не нужна, но в неполном предложении ставится тире: При покупке водки N — сок M за 1 рубль.

Правильно: семье Гагариных (потому что семья Гагариных принимала активное участие в жизни детского сада). 

Корректен и вариант без знака, и вариант со знаком тире: 1) На церемонии присутствовал мэр города N господин M; 2) На церемонии присутствовал мэр города N — господин M. Различие вариантов исключительно коммуникативное: во втором случае акцент делается и на названии города, и на фамилии мэра, а в первом — только на фамилии мэра.