При сокращении цитаты, уже имеющей многоточия, выполняющие те или иные свойственные им функции, многоточие, поставленное автором, цитирующим текст, указывающее на сокращение цитаты, заключается в угловые скобки. Это единственный случай использования угловых скобок.

Знак конца предложения (в Вашем случае - точка) ставится, если цитата не является самостоятельным предложением (включается в предложение как его члены и начинается со строчной буквы).

Разграничение указанных Вами функций многоточия в цитате правилами не предусмотрено. Однако некоторые авторы последовательно заключают многоточие, указывающее на сокращение цитаты, в угловые скобки <...>. При этом отметим, что в «Справочнике издателя и автора» А. Э. Мильчина и Л. Э. Чельцовой такой знак рекомендуется использовать, только если из цитаты исключается фрагмент, состоящий из целого предложения (одного или нескольких).

Поможет ссылка на «Словарь грамматической сочетаемости слов русского языка» Е. М. Лазуткиной (М., 2012)? В нем указано (в словарной статье ПРАВИЛО): «ошибочное употребление – с существительным в дательном падеже с предлогом по». Такая ошибка возникает из-за смешения синтаксических свойств существительных правило и инструкция, руководство. Инструкция по чему-либо, руководство по чему-либо – правильно; правила по чему-либо – ошибка, верно: правила чего-либо.

Предложения не однотипные. В первом примере запятая после например не нужна. Если слово например вводит присоединительную конструкцию или стоит в начале или конце обособленного оборота, то никаким знаком препинания от оборота оно не отделяется. Но если оборот не выделен запятыми, а заключен в скобки, слово например отделяется от него запятой. Во втором предложении запятая после например нужна.

Запятая перед соединительными и разделительными союзами в сложносочиненном предложении не ставится, если в его состав входят вопросительные предложения: Это кто такие и что им надобно? (П.) — объединяет вопросительная интонация; Который теперь час и сколько времени осталось до отхода поезда?; Когда состоится конференция и какова повестка дня?; Вы придёте ко мне или мне прийти к вам?

Да, слово дружба может употребляться во множественном числе. Вот несколько примеров: Как я рада, что вы встретились опять с Кити, надо дорожить старыми дружбами (Л. Толстой, Анна Каренина). Сколько проказ, скандалов, игр, драк, ссор, примирений, поцелуев, дружб! (В. Катаев, Белеет парус одинокий). Жизнь у меня тогда была наполнена новыми дружбами, долгими спорами, чтением стихов, занятиями (Д. Самойлов, Общий дневник).

В приведенном Вами контексте прилагательное герметичные может быть понято и как относящееся только к слову пакеты, и как относящееся к обоим словам сочетания пакеты либо мешки. Фраза в скобках (невозможность проникновения кислорода воздуха и предотвращение окисления продукта в процессе хранения) грамматически не согласована ни с одной частью высказывания, поэтому понять, к чему она относится, решительно невозможно. 

В данном случае парными тире выделяется вставная конструкция на пять частей, а после нее нужна запятая, потому что далее следует придаточная часть сложноподчиненного предложения: Они делятся настолько мелко — на пять частей, — что их становится трудно контролировать. Вместо парных тире можно использовать скобки: Они делятся настолько мелко (на пять частей), что их становится трудно контролировать.