Запятая в данном случае факультативна. Ее отсутствие будет означать, что прилагательное глухой употреблено здесь в значении 'густо, сплошь заросший', тогда как постановка запятой укажет на однородность определений глухой и загадочный (темный, непроницаемый, отчего кажется загадочным).

Запятая перед и необходима, этот союз здесь присоединительный (= «и притом»). Что касается тире во второй, неполной части, то его постановка факультативна и зависит от того, делается ли пауза на месте пропуска грамматической основы она упоминается.

Во-первых, никаких «новых правил» не существует: официально действующими по-прежнему являются «Правила русской орфографии и пунктуации» 1956 года. Во-вторых, постановка запятой после слов с уважением обусловлена исключительно письменной традицией: запятую здесь принято ставить, хотя никаких пунктуационных оснований для этого нет.

Слово ротный в кавычки заключать не надо (это стилистически нейтральное слово, употребляемое в привычном значении). Что касается слов дембель и гражданка, то, поскольку это слова разговорно-просторечные, кавычки могут быть уместны (постановка кавычек даст возможность употребить разговорные слова в «серьезном» тексте).

Оба варианта верны. «Справочник по русскому языку: правописание, произношение, литературное редактирование» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой указывает: «При наличии в количественно-именном сочетании слова несколько возможна постановка сказуемого как в форме единственного, так и в форме множественного числа».

Все знаки можно обосновать, кроме запятой после тебя. Эта запятая – ошибка. Не спящие надо писать раздельно.

Авторская пунктуация – это не постановка любого знака препинания в любом месте вопреки правилам, это предпочтение того или иного варианта пунктуационного оформления из числа разрешенных правилами.

Обособление таких оборотов вариативно.  См. об этом ответ на вопрос № 282603. Но в данном случае запятая не нужна, т. к. ее постановка создаст двусмысленность. Будет непонятно, к какому слову относится оборот как море – к слову огромный или к слову раскинулась.

Постановка знака зависит от смысла. Если до этого уже разрабатывались биологически активные пептиды (были старые, а теперь разработаны новые), запятая не нужна. Если же новизна именно в том, что были разработаны биологически активные пептиды («новые, а именно биологически активные»), запятая нужна.

Знак в обоих случаях ставится между частями бессоюзного сложного предложения. И в обоих случаях предпочтительна постановка двоеточия - "логического" знака (конечно, если только во втором случае слово "дети" не является обращением, а сама фраза - не призыв к детям быть внимательными).