Названия кафедр и факультетов пишутся со строчной буквы, а названия институтов — с прописной.

В общих руководствах по правописанию для подобных названий правила нет. Слитное, раздельное, дефисное написание иностранных географических названий подчиняется особым правилам, их называют правилами русской передачи географических названий, и они разные для разных языков или групп языков. Но Вы правы в том, что части иностранных названий по-русски пишутся, как правило (а может быть, и всегда), через дефис. Полагаем, что на эту тенденцию нужно ориентироваться и при написании вымышленных названий. 

«Русская грамматика» 1980 г. описывает сочетание и следовательно как соединение близкое к составному союзу, соединение простого союза и уточняющего его значение конкретизатора (в данном случае вводного слова). В подобных сочетаниях по правилам пунктуации запятая после союза ставится, если союз не включается во вводную конструкцию, соединяя члены предложения или части сложного предложения (вводное слово можно опустить без нарушения структуры предложения). Это как раз Ваш случай, поэтому знаки Вы расставили правильно. Ср.: Весь тираж уже отпечатан, и, вероятно, книга на днях поступит в продажу.

Вы понимаете правильно.

В третьем из приведенных предложений знаки расставлены верно. Что касается первых двух случаев, здесь корректно такое оформление: Самопознание, действие ума, и самоосуждение, действие совести, есть внутренняя духовная жизнь; В общении с миром видимым, материальным, и невидимым, духовным... 

Вот что сказано об этом в справочнике Д. Э Розенталя.

Пишутся слитно с частицей не прилагательные, которые в сочетании с этой частицей приобретают противоположное значение (обычно такое слово можно заменить синонимом без не).

В зависимости от смысла частица не с краткими формами прилагательных может писаться то слитно, то раздельно; ср.: наша семья небогата (‘бедна’) — наша семья не богата (‘среднего достатка’); эта девушка некрасива (утверждается отрицательный признак) — эта девушка не красива (отрицается положительный признак); адрес неизвестен (отрицается «известность»); Невелика беда — дождь. — Не велика, казалось бы, эта дистанция для стайеров.

Таким образом, в Вашем случае рекомендуем писать слитно: Клиент всегда неправ.

Зпаятые не требуются, союз и на это не влияет: Он прибудет сюда через 13 часов 53 минуты и 20 секунд. На это у него ушло 2 года 10 месяцев 5 дней 13 часов 53 минуты и 20 секунд.

Прилагательное в краткой форме смущена пишется по сложившейся традиции, которая закреплена в словарях. Это отглагольное прилагательное, как и многие другие, не подчиняется правилу. Как раз сейчас Орфографическая комиссия РАН занимается этой проблемой. Надеемся, что правило удастся уточнить. 

Глагол подсказывать требует формы винительного падежа: подсказывать то. Но, как правило, в сложноподчиненных предложениях его употребляют без соотносительного местоимения: Подсказывают, как выучить...

Поэтому возможный вариант: Это не мне подсказывают, а я. И как раз как выучить неправильные глаголы.

Запятая перед союзом и обязательна: она закрывает причастный оборот отбывающего наказание за совершение преступления.