Предложение построено некорректно: присоединительный союз в том числе употребляется для присоединения слов, использующихся для обозначения чего-либо, на что распространяется сказанное в предыдущей части. Он синонимичен слову включая, и замена на синоним проявляет некорректность фразы: *Для меня арка, включая, — символ архитектуры вообще. Лучше использовать те выражения, которыми Вы объясняли задуманный смысл: Для меня арка, кроме прочего, — символ архитектуры вообще.

В предложении нужно выделить причастный оборот, стоящий после определяемого слова: Подрядной организацией в помещениях института, расположенных по адресам ул. Большая Академическая и пр-т Мира, проводится замена окон. Обороты ул. Большая Академическая и пр-т Мира можно рассматривать как однородные несогласованные определения к слову адресам и пунктуационно от него не отделять. Обратите внимание: слова улица и проспект нужно дать в одинаковой форме — или сокращенной, или полной.  

Да, можно. См., например: К слову сказать, она слишком громко плакала, когда расставались у причала и когда за ней уже по пятам ходил местный ее муж, — могло дойти до скандала... [Владимир Маканин. Человек свиты (1988)]; Дело иногда доходило чуть ли не до скандала, но заканчивалось тем, что материалы других авторов принимали, а его нет [Юрий Никулин. Как я учился ходить (1979)] и др. 

Первая часть сложных слов аква- восходит к латинскому aqua 'вода' и обозначает отнесенность чего-либо к воде, морю: акваланг, акванавт.

Первая часть сложных слов гидро- восходит к греческому слову hydor, которое тоже означает 'вода' (т. е. aqua – фактически перевод на латынь греческого hydor). Но этот компонент обозначает не только связь чего-либо с водой (гидровелосипед, гидрокостюм), но и использование воды, энергии воды для каких-либо целей (гидроочистка, гидросооружение).

Запятая между определениями нужна, потому что второе из них поясняет первое, раскрывая его содержание (возможна вставка слов то есть, а именно). Заметим, что отношения пояснения между определениями устанавливаются тогда, когда уже существующий финал [произведения] несчастливый. Если же счастливый финал уже есть (почему бы не придумать и другой, тоже счастливый?), определение другой будет относиться не к слову финал, а к словосочетанию счастливый финал и запятая будет не нужна.

Случаи связи словосочетания и простого предложения с помощью союза и (а здесь именно такой случай) в справочниках по русской пунктуации не кодифицированы. В практике письма запятая обычно не ставится, что логично: простое предложение (в данном случае как их избежать) приравнивается по функции к слову (словосочетанию), а если два слова (словосочетания) соединены союзом и, запятая перед ним не ставится. Сравним: Частые ошибки новичков и способы их избежать.

В этом случае приложение единственного участника ООО «Лютик» предшествует определяемому слову (сочетанию) ООО «Ромашка». Такие приложения отделяются одиночным тире, второе тире при этом опускается (см. примечание 3 к параграфу 19.10 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя): Определить долю единственного участника ООО «Лютик» — ООО «Ромашка» после распределения в размере 100 % уставного капитала ООО «Лютик».

Выбежать — глагол совершенного вида. У глаголов сов. вида форм настоящего времени нет. Выбежит — форма будущего времени.

Однако существуют переносные употребления форм времени. В данном случае как раз переносное употребление: не выбежит = (ему) никак не удается выбежать. А не удается — это уже как раз форма наст. вр., только настоящего расширенного, то есть это такое настоящее, которое шире момента речи (стандартное употребление форм наст. вр. обозначает настоящее, совпадающее с моментом речи). Вот это значение и угадывается в предложении Бежит, бежит — не выбежит.

Таким образом, перед нами глагол сов. вида в форме буд. вр., но в значении расширенного настоящего.

Примечание: «глаголов настоящего или будущего времени» не бывает, потому что время — не постоянный признак глагола, а переменный. Бывают глаголы в ФОРМЕ наст. вр. или буд. вр.
 

Глагол черпать имеет несколько значений, в частности:

1.     Набирать, доставать что-л. жидкое, сыпучее, захватывая чем-л. (обычно снизу, из глубины);

2.     Извлекать, заимствовать что-л. откуда-л.;

     и др.

От глагола несов. вида черпать в 1 значении образуется глагол сов. вида черпнуть, суффикс -ну- вносит значение ‘однократно, иногда также с небольшой интенсивностью совершить действие, названное производящим глаголом’.

От глагола черпнуть со значением ‘однократно или с небольшой интенсивностью набирать, доставать что-л. жидкое, сыпучее’ с помощью приставки под- образуется глагол подчерпнуть со значением ‘черпнуть немного’. Глагол малоупотребителен, поэтому фиксируется не всеми словарями.

От глагола несов. вида черпать во 2 значении с помощью приставки по- и суффикса -ну- образуется глагол сов. вида почерпнуть со значением ‘извлечь, позаимствовать что-л. откуда-л.’. По похожей модели, но с другой приставкой аналогичного значения образован глагол уснуть ← спать.