Предпочтительно склонение без выпадения гласной: Баёка.
Непонятно, кто кому выплачивает?
Можно поставить точку с запятой, но при этом будет уместно двоеточие после слова "командировать".
Будем ждать от Вас ссылки на источники.
Верно: тон, которым...
Кавычки не требуются, если это слово употреблено в тексте, для которого нормой является использование подобных терминов.
Верно: ФеОдор.
Верно: в доме на Юбилейной улице.
Вы правы, ставить запятую не требуется.
Во всех приведенных примерах предпочтительно поставить запятую.