Ситуация сложная. Согласно официально действующим сейчас «Правилам русской орфографии и пунктуации» 1956 года, между определяемым словом и стоящим перед ним однословным приложением, которое может быть приравнено по значению к прилагательному, дефис не пишется: красавец мужчина (=красивый мужчина), старик отец (=старый отец). Такое написание предлагается и в справочниках Д. Э. Розенталя, которые полностью опираются на действующие правила. Но в академическом «Русском орфографическом словаре» РАН и вышедшем недавно из печати полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» предлагается дефисное написание: старик-отец, красавица-дочка. Такое написание, хотя и вступает в противоречие с действующими правилами, тем не менее соответствует современной практике письма и более последовательно и логично отражает применение дефиса при написании сочетаний существительных.
Что касается справочников Д. Э. Розенталя, то они не то чтобы «устарели» - но они опираются на «Правила» 1956 года, а вот эти правила действительно устарели, прежде всего, за счет многочисленных изменений, произошедших за последние полвека в самом языке. Снять многие противоречия и устранить разнобой в рекомендациях справочников помогло бы официальное утверждение нового свода правил русского правописания, разработанного Орфографической комиссией РАН, но этот свод правил пока не принят, и неизвестно, когда это произойдет.

Д. Э. Розенталь в справочнике по пунктуации обращает внимание на следующее. В сложноподчиненном предложении главной частью может быть неполное предложение, приводится пример: Вот уже два года, как мы женаты. Ниже этому случаю противопоставляется пример Третий день как он здесь -- «простое предложение, тогда как в приведенных выше примерах в главной части предложения подразумевались слова: прошло с того времени, с того момента».

Предлог согласно употребляется только с дательным падежом. Употребление формы родительного падежа - очень распространенная ошибка. См. Розенталь Д. Э. «Справочник по русскому языку. Управление в русском языке» (М., 2003).

Правило следующее: Слитно или раздельно пишутся с НЕ так называемые предикативные наречия на -о: при утверждении они пишутся слитно, при отрицании - раздельно (критерий того и другого смысла обычно устанавливается самим пишущим). См. в «Справочнике по правописанию и литературной правке» Д. Э. Розенталя.

Возможны варианты пунктуации. Если следовать основному правилу выделения прямой речи, стоящей внутри авторских слов, корректно: На вопрос: «В чем же отличие новой пирамиды от старой, которая была одобрена ВОЗ в 1992 году?» - он ответил: "Впервые ..." (перед прямой речью ставится двоеточие, после нее - тире, т. к. прямая речь заканчивается вопросительным знаком).
Однако в справочнике Д. Э. Розенталя указано, что подлинные выражения, вставленные в текст в качестве элементов предложения, заключаются в кавычки, но двоеточие перед ними не ставится. И в полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» указано, что если прямая речь непосредственно включается в авторское предложение в качестве его члена, то она заключается в кавычки, знаки же препинания ставятся по условиям авторского предложения. В таком случае правильно: На вопрос «В чем же отличие новой пирамиды от старой, которая была одобрена ВОЗ в 1992 году?» он ответил: "Впервые ..."
На наш взгляд, второй вариант пунктуации предпочтителен.

В большинстве случаев слова конечно же выделяются запятыми. Однако, как указывает справочник по пунктуации Д. Э. Розенталя, «иногда слово конечно, произносимое тоном уверенности, убежденности, приобретает значение утвердительной частицы и пунктуационно не выделяется: Конечно правда! Конечно же это так».

См. «Справочник издателя и автора» А. Э. Мильчина и Л. К. Чельцовой.

Обе буквы -- я и е -- передают звук, средний между [и] и [э].

Корректно: _«Ил-96-300», «Боинг-737», «Эрбас-350».

Это не вводное сочетание, запятые не требуются.